"Как сделать так, чтобы в Google Chrome LINUX-овом, Flash-приложения не грузились после каждой перезагрузки системы, заново?"

- Все что могу сказать это смотреть нужно в настройках и браузера, и плагина. Смотрите форум Google там подробно описано как можно попасть на нужные вам страницы параметров (в этом браузере все это делается через адресную строку, к примеру увидеть какие плагины стоят можно с помощью команды about:plugins).

"Из-за чего может подвисать диспетчер файлов?"

- Ну прежде всего в Linux файловый менеджер может быть не один, так что название в студию. Но сразу предположу что вам нужно влезть в настройки проверить параметры: создание миниатюр, корзина, отображение дополни тельной информации, панели,... Так же советую проверить настройки графики, возможно тормозит не только это приложения, просто на нем это заметнее.

"И есть ли в Linux, как в винде, диспетчер задач, чтобы можно было снять зависающие приложения?"

- ksysguard в русском варианте "Системный монитор". Можно вызвать комбинацией Ctrl+Esc, также для завершения приложения и всех его "демонов" можно юзать команду xkill, вызов через Alt+F2. Список процессов можно вызвать из консоли, запустив интерактивную программу top. Второй вариант проще - не нужно искать процесс, просто кликнешь по программе курсором в виде черепа. В первом варианте можно завершить вешающийся процесс приложения (если таковой имеется)).